《魔物獵人3》與魔物獵人系列的其他遊戲相同，都是圍繞著任務、獵人和狩獵，因此其任務系統依然存在。任務以星級劃分，星級越高，則其難度越高，而怪物強度及報酬亦會相應提高。《魔物獵人3》的任務主要分為三種：採集任務、狩獵任務和捕獲任務。採集任務主要為採集素材，狩獵任務主要為狩獵指定魔物，而捕獲任務則要捕獲指定魔物。若玩家要進入高一星級的任務，必須完成一個「緊急任務」才可晉級。遊戲中同樣設有農場，而獵人在農場中可以收集素材供任務時使用、製造裝備或賣掉。而經過升級農場，玩家可以獲得更高級和更稀有的素材。

武器和防具是狩獵的必備品，因此獵人需要購買或製造裝備。玩家要靠收集指定素材和儲蓄足夠的金錢才能製造裝備，而玩家亦能僅用金錢購買一些較弱的裝備。狩獵期間，遊戲要求玩家迅速反應，並且要深諳各種強大魔物的特性，以免被魔物擊殺而導致任務失敗。任務中，玩家還能在草堆、殘骸等地方收集素材，或直接從魔物身上割取。獵人戰鬥時亦會損失生命值，跑步或翻滾亦會被體力值限制。而為了讓玩家能增強獵人的能力，遊戲會提供一些物品供獵人狩獵時使用，以增加勝算，例如回復藥能增加損失掉的生命值，熟肉能增加跑步距離等。